成果内容

1.建立基于云平台的病原菌检测的开放式系统，除了能够检测临床常见的葡萄球菌、链球菌、绿脓杆菌、变形杆菌、沙门氏菌等外，还能够检测较为少见的病原菌，其panel涵盖257个致病菌物种，分布于86个属之中；实现对某些常见病原菌的鉴别可至亚种水平，为现有技术中所少见，并能够构建地方病原菌群体。

2.构建基因组数据环境下，DNA序列片段-物种库的隶属关系体系。基因数据的比对结果中往往含有大量的多比对读段，这些现象直接反映在序列的比对形式与质量分数上。从比对形式而言，考虑匹配/错配、插入/缺失情况；从测序错误而言，考虑序列比对的质量分数；从物种的生物特性而言，落在物种可变区的读段属于该物种的机率越高。该环节从比对成功的数据中量化碱基匹配或错配指示度、比对产生的gap与读段来自可变区的指示度等信息，建立测序读段到物种库的隶属关系体系，实现较高准确度的物种浓度估计，为交叉感染疾病的精准药物定量奠定基础。

3.性能评估与临床验证。为了对方法的性能及有效性进行分析与验证，评判方法能否实现样本中物种成分鉴定与浓度估计，本项目拟开展大规模的 NGS 数据仿真研究，与同行方法作对比，为客观评价方法的性能开辟一种有效途径；同时，该方法应用于真实的临床样本以检验实战能力，并致力于揭示临床样本中物种成分及相关浓度。

成果形式

（1） 申请国家发明专利3-5项

（2） 申请软件著作3-5项

（3）开发整体软件系统一套，并架构于云平台之上。