进行中 基因组大数据环境下交叉感染疾病精准诊断平台

高先生
2020-01-19 12:30:00
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基因组大数据环境下交叉感染疾病精准诊断平台

发布人: 高先生
联系方式: 13321158352
发布时间: 2020-01-19
所在地: 山东省青岛市
需求类型:
截止时间: 2020-12-19

成果内容

1.建立基于云平台的病原菌检测的开放式系统,除了能够检测临床常见的葡萄球菌、链球菌、绿脓杆菌、变形杆菌、沙门氏菌等外,还能够检测较为少见的病原菌,其panel涵盖257个致病菌物种,分布于86个属之中;实现对某些常见病原菌的鉴别可至亚种水平,为现有技术中所少见,并能够构建地方病原菌群体。

2.构建基因组数据环境下,DNA序列片段-物种库的隶属关系体系。基因数据的比对结果中往往含有大量的多比对读段,这些现象直接反映在序列的比对形式与质量分数上。从比对形式而言,考虑匹配/错配、插入/缺失情况;从测序错误而言,考虑序列比对的质量分数;从物种的生物特性而言,落在物种可变区的读段属于该物种的机率越高。该环节从比对成功的数据中量化碱基匹配或错配指示度、比对产生的gap与读段来自可变区的指示度等信息,建立测序读段到物种库的隶属关系体系,实现较高准确度的物种浓度估计,为交叉感染疾病的精准药物定量奠定基础。

3.性能评估与临床验证。为了对方法的性能及有效性进行分析与验证,评判方法能否实现样本中物种成分鉴定与浓度估计,本项目拟开展大规模的 NGS 数据仿真研究,与同行方法作对比,为客观评价方法的性能开辟一种有效途径;同时,该方法应用于真实的临床样本以检验实战能力,并致力于揭示临床样本中物种成分及相关浓度。


成果形式

(1) 申请国家发明专利3-5项

(2) 申请软件著作3-5项

(3)开发整体软件系统一套,并架构于云平台之上。

快速响应

一对一服务

精准匹配方案

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